La création de la Faculté des sciences de l'agriculture et de l'alimentation résulte de l'évolution de l'enseignement agronomique au Canada français, enseignement qui avait jusqu'alors été assuré par l'Institut agricole d'Oka et l'École supérieure d'agriculture de Sainte-Anne-de-la-Pocatière.

Fondée en 1859, l'École d'agriculture de Sainte-Anne-de-la-Pocatière devint, en 1940, la Faculté d'agriculture de l'Université Laval. Les premiers grades de baccalauréat décernés à La Pocatière le furent en 1913. Pour sa part, l'Institut agricole d'Oka, fondé en 1893, décida d'abandonner l'enseignement en 1958 et ferma ses portes en 1962. La même année, à la suite des recommandations de la Commission d'enquête sur l'enseignement agricole et agronomique, l'Université Laval accueillait la Faculté d'agriculture sur le campus universitaire. Enfin, l'École des sciences domestiques est fondée à Saint-Pascal de Kamouraska en 1941 et décerne ses premiers diplômes de baccalauréat. Elle s'intègre à la Faculté en 1965 et est précurseure de l'enseignement en sciences de la consommation et en nutrition.

Depuis 1962, la Faculté d'agriculture n'offre plus seulement l'enseignement traditionnel orienté vers les seuls problèmes techniques du secteur primaire agricole. Elle a élargi son champ d'activités à l'application des sciences biologiques, physiques et socioéconomiques dans les secteurs de la production et de la transformation des aliments, de l'alimentation individuelle ou collective, de l'utilisation des ressources dans le milieu rural, des biotechnologies et des sciences de la consommation.

C'est ainsi que la Faculté d'agriculture est devenue, en 1971, la Faculté des sciences de l'agriculture et de l'alimentation, confirmant ainsi sa préoccupation d'améliorer l'agriculture et l'alimentation dans ce contexte moderne du monde de l’agroalimentaire.